I Ninas barn forteller Nina Grünfeld om farens og de andre jødiske flyktningbarnas oppvekst på det jødiske barnehjemmet i Oslo i perioden 1938 til 1945. Etter Anschluss, da Hitler annekterer Østerrike i 1938, kommer en gruppe jødiske barna fra Wien til Oslo for å delta på sommerleir. Der skal de gjøre seg fete på jordbær med fløte. I takt med utviklingen på kontinentet går ferieoppholdet som var tenkt å vare i noen uker over til å bli langvarig. Når foreldrene blir tilbudt å la barna bli i Norge, takker de fleste ja. De barna som reiser hjem blir senere deportert og omkommer i Holocaust. Den tysk-russiske barnepsykologen og flyktningen, Nina Meyer, påtar seg oppgaven med å etablere det jødiske barnehjemmet. I 1941 blir Nina Grünfelds far en del av barnehjemmet. Som for så mange av barna, blir hun en erstatning for de tapte familiene.

Når Nina Grünfeld blir født i 1966, blir hun oppkalt etter bestyreren. Filmen forteller for første gang den dramatiske historien om hvordan disse jødiske barna kommer i sikkerhet i Norge, og hvordan de i 1942 må flykte videre til Sverige. Filmen viser hvordan norsk flyktningpolitikk var, med visse hint til dagens flyktningsituasjon.